Récemment, j’ai décidé de passer tout mon code de laboratoire de Matlab vers Python, principalement à cause des coûts élevés associés à la maintenance des licences Matlab, et également pour apprendre un nouveau language de programmation que je pourrais également utiliser en dehors du travail académique. À ce jour, je n’ai pas été déçu.

Mais à ma grande surprise, je suis devenu très enthousiaste par cet environnement entièrement libre. Je suis étonné par la qualité de l’environnement scientifique autour de python: python, scipy, numpy, pandas, matplotlib, spyder, jupyter, etc. Je réalise également qu’à partir de maintenant, je marche dans les pas de plusieurs personnes qui ont donné temps et compétences pour construire cet immense environnement.

Ça a complètement changé ma relation avec mon propre code, si bien que j’ai décidé de publier progressivement la plupart de mon code de laboratoire en code ouvert. Ce faisant, j’espère maximiser ma contribution à la recherche en biomécanique, en particulier dans mes propres domaines de recherche (réadaptation, activité physique adaptée) qui méritent d’être étudiés en profondeur.

La première version (0.1) de Kinetics Toolkit (ktk) aborde deux aspects que je trouve actuellement manquants pour l’étude de la biomécanique sous python:

  • Une classe générique, polyvalente et simple à utiliser pour gérer les séries temporelles à n dimensions (par exemple, des séries de marqueurs, de forces, de matrices de transformation), qui serait un équivalent de la classe timeseries de Matlab. Ceci est maintenant implémenté en tant que ktk.TimeSeries.
  • Un visualiseur 3D interactif pour les marqueurs, les corps rigides et les segments, qui pourrait être utilisé directement dans IPython / Spyder. Ceci est maintenant implémenté en tant que ktk.Player.

Maintenant, il est temps de l’essayer !

Kinetics Toolkit website